Man kann LyX und R kombinieren mit Hilfe der R-Funktion Sweave() aus dem Paket utils von Friedrich Leisch und so LyX-Dokumente mit R-Code erzeugen.

1. Man installiere, wenn noch nicht geschehen, die Pakete utils und für die „schönere“ Darstellung von Tabellen xtable.

2. Man installiere LyX [1] komplett mit TeX-Distribution (z. B. MiKTeX, TeXLive).

3. Nun überschreibt man die Dateien: literate-scrap.inc, literate-article.layout, literate-report.layout und literate-book.layout aus dem LyX-Unterverzeichnis „layouts“ mit den gleichnamigen Dateien von [2].

4. Man suche im Verzeichnis .../R-x.x.x/share/texmf die Datei Sweave.sty und kopiere sie in das TeX-Unterverzeichnis „texmf“. In das gleiche Verzeichnis kommt die Datei noweb.sty [3]. Damit LyX die neuen Dateien erkennt geht man im LyX-Menü auf „Reconfigure“.

5. Nun muss man unter „Einstellungen->Dateiformate“ folgende Formate ergänzen.

   Format (Einsortiert als):	GUI-Name (Format):	Dateiendung:
   literate	Sweave	Rnw
   r	R/S code	R
   pdflatex	LaTeX (pdflatex)	tex
   latex	LaTeX (plain)	tex

6. Unter „Einstellungen->Konverter“ ergänzt man anschließend folgende Konverter.

   Von Format:	Nach Format:	Konverter:
   Sweave	LaTeX (pdflatex)	R CMD Sweave $$i
   Sweave	LaTeX (plain)	R CMD Sweave $$i
   Sweave	R/S code	R CMD Stangle $$i

7. Um ein LyX-Dokument mit R-Code zu erzeugen, erstellt man eine neues Dokument und wählt unter „Dokument->Einstellungen->Dokumentklasse“ artikel (Sweave noweb), report (Sweave noweb) oder book (Sweave noweb) aus.

8. Den R-Code schreibt man in eine TeX-Code-Box. Vor den R-Code in die Box kommt <<Optionen>>= und dahinter ein @. Zwischen diesen Marken darf nur R-Code stehen. Man kann folgende Optionen durch Kommata getrennt angeben, man kann sie aber auch weglassen.

   echo=false		R-Code ist nicht sichtbar
   results=tex		die Ergebnisse werden wie TeX-Code behandelt
   results=hide		die Ergebnisse sind nicht sichtbar
   fig=true		Grafiken werden eingebunden
   width=		Breite der Grafik in Inch (z. B. 4)
   height=		Höhe der Grafik in Inch

   Weitere Optionen kann man in der R-Hilfe nachlesen [7].

9. Um R-Code innerhalb von normalen LaTeX-Text zu schreiben, benutzt man \Sexpr{}.

10. Nun muss man nur noch auf „PDF (pdflatex) ansehen“ gehen. Wenn alles klappt, sieht man dann die fertige PDF mit dem kompilierten R-Code.

11. Wenn man xtable benutzen möchte darf man davor require() nicht vergessen.

    Beispiel:
    <<results=tex>>=
    require(xtable)
    x<-1:5
    y<-8:4
    xtable(table(x,y))
    xtable(summary(lm(x~y)))
    @

12. Der R-Code sollte möglichst richtig sein, da die Fehlermeldungen nicht die Fehlerstelle angeben. Im R-Code sollten keine Lücken sein und jeder Befehl sollte in einer neuen Zeile beginnen.

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9.8.2009